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从不锈钢发酵罐发生染菌的时间来看，染菌可分为4个不同的染菌时期，这对于发酵所产生的影响也是有区别的。

1、不锈钢发酵罐培养期染菌
种子培养期，微生物菌体浓度低，培养基的营养丰富，比较容易染菌。一旦发现种子受到杂菌的污染，应经马上灭菌处理，并对罐内、管道等进行仔细检查和彻底灭菌。

2、不锈钢发酵罐发酵前期染菌
在发酵前期，微生物菌体主要是处于生长、繁殖阶段，此时期代谢的产物很少，相对而言也容易染菌，染菌后的杂菌将迅速繁殖，与生产菌争夺培养基中的营养物质，严重干扰生产菌的正常生长、繁殖及产物的生成。

3、不锈钢发酵罐发酵中期染菌
发酵中期染菌将会导致培养基中的营养物质大量消耗，并严重干扰生产菌的代谢，影响产物的生成。一般来说发酵中期染菌较难挽救，在生产过程中应尽力做到早发现，快处理。

4、不锈钢发酵罐发酵后期染菌
由于在发酵后期，发酵产物已积累较多，如果染菌量不太多，对发酵影响相对来说就要小一些，可继续进行发酵。对发酵产物来说，发酵后期染菌对不同的产物的影响也是不同的，如柠檬酸的发酵，染菌对产物的影响不大；抗生素、氨基酸等的发酵，后期染菌也会影响产物的产量、提取。